کلنی کانتر یا کلنی شمار دستگاهی است که برای شمارش خودکار تعداد سلول‌ها و کلنی میکروارگانیزم‌ها مانند موجود در محیط کشت آگار به‌کار می‌رود. این دستگاه قادر به تعیین تعداد سلول‌ها، زنده بودن آنها و تجزیه و تحلیل توزیع عرض سلول است. کلنی شمارها می‌توانند از برچسب‌های فلورسنت یا کنتراست بین نواحی روشن و تاریک روی صفحات آگار برای شمارش سلول‌ها و باکتری‌ها استفاده کنند.